污泥螺杆泵在初次启动前，应对集泥池、进泥管线等进行清理，以防止在施工落下的石块、水泥块及其他金属物品进入破碎机或泵内。平时启启动前应打开进出口阀门并确认管道通畅后方可动作，对正在运转的泵应主要注意其螺栓是否有松动、机泵及管线的振动是否超标、填料部位滴水中否在正常范围、轴承及减速机温度是否过高、各运转部位是否有异常声响。
作为污泥螺杆泵，它所输送的介质在泵中还起对转子的冷却及润滑作用，因此是不允许空转的，否则会因磨擦和发热损坏定子及转子。在泵初次使用之前应向泵的吸入端注入流体介质或者润滑液，如甘油的水溶液或者稀释的水玻璃、洗涤剂等等，以防初期启动时泵处于磨擦状态。在污水处理行业有时会发生污泥或者浮渣中的大块杂质(如包装袋等)将吸入管道堵塞的情况，应昼避免这各种现象的出现。如不慎发生此类情况应立即停泵清理，以保护泵的的安全运行。