蛋白层析柱是凝胶层析技术中的主体，一般用玻璃管或有机玻璃管。根据样品混合物中各组分在固定相和流动相中分配系数不同，从而分离的一种层析法。
蛋白层析柱装柱方法：
（1）装柱前要仔细看填料的使用说明书，每种填料都有自己的特性，以及特殊的装柱方法，针对不同的空柱，也要注意方法可能不同，这一点非常重要：装柱包括以后使用中不允许柱内进入气泡（bubblefree），柱头事先也要排除气泡。
（2）填料要加水搅拌成均匀悬液，悬液浓度依填料而不同，一般70－85%，迅速倒入空柱内，或吸或压，流速和具体步骤看说明书。
（3）所有柱子尽量做到填料均匀，尤其是用于凝胶层析的柱子。装柱完成后，可用柱效测定的方法检查装填效果。一个装填合格的柱子的理论塔板高度应是填料平均粒径的2－4倍，在此范围内越小越好。
（4）选择合适的泵，尽量流速满足要求，脉冲尽量小。选柱塞泵。
（5）准备上柱的液体应进行过滤，至少是0.45micrometre。
（6）关于纯化，首先要考虑的是你的目标：纯度、数量、速度、收率等等，再根据样品的具体情况，尤其是目标蛋白的性质，确定纯化策略。
（7）至于蛋白层析柱测序，大概不到1mg应该足够了。