水培使花卉摆脱了土壤病虫害的侵害，但仍然会受到摆设环境病虫害的侵害。空气中的真菌、细菌、病毒仍可浸染水培花卉的茎叶，使其受到不同程度的病变。蚜虫、介壳虫可随风飘至室内，降落到水培花卉上刺吸汁液。飞蛾在花卉上产卵，孵化成幼虫，也会咀食花卉的嫩叶、茎尖。脱盆洗根改为水培的花卉，同样会带有真菌、细菌、病毒、虫卵、幼虫等，若不仔细检查清除，会留下隐患。
水培花卉因其摆设环境的特殊性，一旦发生病虫害，不宜使用化学农药杀虫，也不能用大剂量的杀菌剂灭菌。这些药物虽能起到杀虫灭菌的作用，但同时对环境也会造成污染。因此对水培花卉可能发生的病虫害应以预防为主。
在选择水培花卉时，尽可能挑选植株健壮、生长茂盛、无病虫害的花卉。在养护过程中若发现虫害，可采用人工捕捉，或用自来水冲洗清除。水培花卉发生浸染性病害是不多的，只有在少数叶片上有褐色病变，干瘪坏死，或者有不规则形湿渍状病变，是由真菌或细菌浸染形成，发现后应将整片病叶摘除烧毁，勿使其蔓延。发生脱节、烂根的水培花卉，可采用植株更新的方法处理，在茎节下端3厘米处截取上端尚完好的枝条，插在清水里，经过一段时间的养护管理，又能长出新根成为独立的植株。