1）药物辅助加温处理：先用药物处理后，再将污染的组织培养物放在 41℃ 培养 18 小时，可杀死支原体，但对细胞有不良影响。
2）免疫反应清除法：主要包括有动物体内接种除菌法和体外吞噬细胞吞噬法，前者是把受污染的细胞接种在动物皮下或腹腔中，借动物免疫系统消灭支原体，而细胞却能在体内继续生长，待一定时间后，从体内取出细胞再进行培养繁殖；而后者从动物腹腔采取巨噬细胞并对其进行纯化，加入被污染的细胞培养液进行混合培养。在培养过程中，为检查支原体是否已被消除干净，可取出混合物进行染色或镜检等来判断支原体是否被消除干净。