商品房合同补充协议不违法，补充协议是双方真实意思表示并且协议的内容没有违反法律法规就具有法律效力。购房补充协议丢了的解决办法是双方协商重新补办一份协议，一般情况下都可以补办的
一、商品房合同补充协议违法吗
商品房合同补充协议不违法，只要是双方自愿签署的，没有强迫的情况，协议内容符合法律法规，协议就有法律效力。民法典规定依法成立的合同，自成立时生效。法律、行政法规规定应当办理批准、登记等手续生效的，依照其规定。当事人对合同的效力可以约定附条件。附生效条件的合同，自条件成就时生效。附解除条件的合同，自条件成就时失效。当事人为自己的利益不正当地阻止条件成就的，视为条件已成就；不正当地促成条件成就的，视为条件不成就。第四十六条当事人对合同的效力可以约定附期限。附生效期限的合同，自期限届至时生效。附终止期限的合同，自期限届满时失效。
二、购房补充协议丢了怎么办
购房补充协议丢了的处理办法是建议去联系开发商补办。购房合同一般在开发商、银行、房管局和你个人手里都有一份的，如果你的合同丢了，你最好抓紧时间登报，带着刊登遗失声明的报纸去找开发商，他们会给你补办的。
根据《城市商品房销售管理办法》的规定，商品房预售，开发经营企业应当与购房人签订商品房预售合同，预售人应当在签约之日起30日内到上述两部门办理登记备案手续。如果已办理产权登记，自然也就不必担心因丢失合同和收据所造成的隐患。
三、购房合同补充协议需要备案吗
可以不需要备案。补充协议并未改变主合同的主要目的，也就是买房卖房这个主合同目的未改变，只是在一些细节上的修改和补充，未经备案并不影响其法律效力，友情提示，《民法典》补充协议是对主合同的修改和完善，即使是同时签署的，也会以补充协议上的内容为准的。