黑斑病是红豆草上重要病害，在我国甘肃省静宁、天水等地红豆草上有发生，在新疆还发现其为害野生的西伯利亚岩黄芪（h.austrosibiricum）。
症状主要为害叶片，在叶尖、叶缘或沿叶脉形成黑色痞状无光泽的病斑，病斑不规则，常连成片，可达2-10mm×1.5-3.5mm。
病原diachorellaonobrychidis（dc.：fr.）hoehn.称红豆草扁裂腔孢，异名红豆草扁壳霉（placosphaeriaonobrychidissacc.），属半知菌亚门真菌。分生孢子器生于黑色扁平的子座内，盘状，直径约160-570μm，无孔口，顶部不规则开裂。分生孢子梗无色，圆柱形。分生孢子单胞，无色，椭圆形、棱形，顶部延伸出一线。不分枝，细胞质的附属丝。附属丝与孢子间无隔膜，孢子大小约5-7μm×1.6-3μm，附属丝长约2-10μm。有性阶段为（diachoraonobrychidis（dc.）muell）。此菌除为害红豆草外，还为害岩黄芪属（hedysarumspp.），引起黑斑病。
发病特点有待进一步研究。病菌在碎叶片上以及混在种子间进行远距离传播。脱落在田间的病叶，于秋冬之后便可产生有性世代。田间病株残体是第二年的初侵染来源。黄土高原及附近地区的气候条件，对该病原菌的生存与繁衍有利。
防治方法目前无有效防治措施，注意播种前精选种子，已发病的田块应尽早刈割利用，减少病害所造成的损失。