瓜叶菊幼苗阶段生长缓慢且较娇弱，建议采用育苗专用基质和较大口径的穴盘进行育苗工作。
育苗基质应有很好的透气性。不要使用密度过大的基质育苗，基质ph值要在6.2至6.5之间，基质 ec值要在0.5至0.75ms/cm（1：2检测法）。瓜叶菊幼苗期第一和第二阶段（见下文）对基质高ec值较敏感，所以建议尽量不要使用含营养启动剂的育苗基质。育苗穴盘应使用200穴孔的穴盘。为了保证瓜叶菊种子萌发所需的湿度，在播种前填完基质后，在穴盘上覆盖薄薄一层粗蛭石。
第一阶段 胚根萌发（5至7天）
此阶段基质温度应保持在20至22℃之间。注意频繁的浇灌会使基质温度保持在较低的水平。高强度的光照也会使基质温度迅速上升。所以此阶段应将穴盘置于遮阴的环境中。
瓜叶菊种子萌发需光照，在播后千万不要再覆盖粗蛭石。
此阶段不要施肥。
胚根预计在3至4天内出现。第一阶段后期瓜叶菊的胚根应基本全部形成了。
第二阶段 茎干和子叶出现（8至12天）
维持基质潮湿状态，不要饱和，允许表层基质有轻微的干燥，以促使瓜叶菊根系向下向基质深处生长。
基质温度应维持在20至21℃之间。注意高强度光照和频繁灌溉对基质温度的影响。长时间基质温度超过28℃对第一阶段和第二阶段的瓜叶菊幼苗十分不利。
此阶段开始可以施用低浓度的13－2－13等钙镁配方水溶性肥，一般以每周一次为宜，每次以氮的浓度为50ppm左右为宜。
应定期检查基质ec值，确保基质ec值在0.5至0.75ms/cm（1：2检测法）。
短日照环境能促进幼苗的营养生长。白天光照强度应保持在 15000勒克斯左右。
本阶段后期结束后，整个萌发过程就完成了，根系和茎干及子叶开始进入发育阶段。
第三阶段 真叶生长和发育（21至28天）
基质温度应维持在18至21℃之间，基质湿度应维持在中等偏下水平，待基质表层颜色变浅略显棕色时就可以浇灌了，这样做能保证基质里的空气得到交换流通。干湿交替的基质会促使瓜叶菊幼苗根系很快穿透基质。
此阶段施肥浓度应控制在氮的浓度为100至150ppm，每周一次13－2－13等钙镁配方水溶性肥。
应定期检测基质ec值，确保基质ec值在0.75至1.0ms/cm之间。短日照环境能促进营养生长。白天光照强度保持在25000勒克斯。
本阶段后期，瓜叶菊幼苗根系穿透基质并开始逐步向包裹基质团发展。同时瓜叶菊第一片真叶也开始生长发育。第四阶段 准备移植或运输（7至10天）
基质温度应降低到15至17℃。基质湿度应较前一阶段更低一些，以“见干见湿”为原则，以促使瓜叶菊幼苗根系生长并将基质包裹住形成良好的根团。第三和第四阶段不允许基质完全干燥，否则幼苗会停止生长或生长缓慢且变得易患病。
施肥浓度控制在氮的浓度为100至150ppm，每周一次。
短日照环境促进营养生长，光照强度控制在 30000勒克斯左右为宜。将基质完全包裹，并能很容易地将幼苗从穴孔中提出来。其他育苗要领
1.种子播后要马上浇水，一定要使用雾化喷头，以避免水流将种子冲走。种子的发芽率和发芽一致性取决于空气相对湿度，较高的空气相对湿度能获得高发芽率和发芽一致性。瓜叶菊种子在空气相对湿度为98％至100％的范围内发芽率和发芽整齐性最好。
育苗时可采用在穴盘上方15至25厘米外覆盖一层无纺布，或经常用雾化喷头浇灌（在胚根出现后就应减少浇水次数），或将穴盘放置在较遮阴处（减少表层基质的水分流失），这些措施都可以获得较高的穴盘局部空气相对湿度。
影响瓜叶菊穴盘局部空气相对湿度的主要因素是通风情况和基质含水量、穴盘局部温度，这些因素主要取决于基质表面的水蒸发量。
在胚根出现前可以让基质处于饱和状态，在胚根开始出现和发育时应将基质含水量控制在潮湿状态。过饱和的基质（基质含水量过大，持水量达到极限）会使瓜叶菊幼苗的根系仅停留在基质表面，不会向下和向基质里生长。这是十分危险的，一旦表层基质失水，萌发的幼苗就极可能干涸而死。
2.从第二阶段开始要确保瓜叶菊幼苗的叶片在天黑前是干燥的。换句话说，不要在下午浇灌幼苗，如果必须浇灌的话，也要提供良好的通风环境。晚上叶片长时间（大于4小时）的潮湿是促使灰霉病及白粉病发生的主要原因。
3.避免使用过量的氮肥和磷肥，过量的铵态氮和磷肥会使幼苗茎干和叶片生长过快且过于软弱（过分的营养生长），不结实的茎干和软弱的叶片会使立枯病发病率大大提高。
4.从第二阶段开始逐步的增加通风是避免幼苗徒长和患病的最佳方法。
5.必要的话，可以对幼苗施用生长调节剂。
如使用低浓度的daminozide或a－rese都可控制幼苗的株高和茎节长度。
如果能控制好肥料中的铵态氮含量和dif及浇灌频率的话，瓜叶菊幼苗也可以在不施用生长调节剂的条件下生长得紧凑健壮。