当把毛细管柱安装在气相色谱仪上时，需要将其两端分别于进样口和检测器相连接。不用厂家的一起所用的接头有两种，一种是内螺纹接头，一种是外螺纹接头。原理都是用一个石墨密封垫。通过接头压紧而达到固定和密封的目的。安装毛细管柱时应注意三个问题：*，先将固定螺母和密封垫套在柱头上，此时应将柱头朝下，避免密封垫碎屑进入柱管而造成堵塞。将石墨垫套在柱头后，应将柱头截去1——2cm，可用专门的柱切割器，也可用一个开安瓿瓶的瓷片，在柱管上轻轻划一下，然后用手别断。这样可以保证柱端是整洁的，又避免了柱头污染物对分析的干扰，因为截去了穿过密封垫时可能进入柱头的污染物，或者运输过程中可能损坏的柱端。
第二，柱端伸出密封垫的长度不同的仪器有不同的规定，应严格按仪器的说明忽视确定。总的原则是进样口一段安装好后，柱端应处于分流点以上，并位于衬管。检测器一段则是柱出口尽量接近检测点，以避免死体积造成的柱外效应。为了保证柱端伸出的长度准确，可在截去柱端后，先量好柱头伸出长度，然后用记号笔或改字液在接头下方的色谱柱上做一记号，拧紧接头后保证该记号正好位于接头端面。这样就避免了拧紧过程中因柱管移动可能造成的伸出长度不准确。
第三，接头不要拧的太紧，以免将色谱柱压裂或压碎。一般新的石墨垫用手拧紧后再用扳手拧1/4圈即可。如果是重复使用的石墨垫，则要多拧紧点，直到用手轻轻拉柱管拉不动为止。原则上每次安装色谱柱都要用新的石墨垫，不过同一色谱柱拆下再安装时，可重复使用石墨垫，但重复使用的次数不要超过3次，否则会失去密封性。