一、使果树对养分造成奢侈吸收。过量施肥，果树往往超出其正常生理需要而过多地吸收养分，这叫养分的奢侈吸收。它只能增加树体内养分的浓度，但对产量的增加没有作用。
二、影响果实的品质。尤其是果实生长后期，若大量注入氮肥，会使果实含糖量降低，硬度下降，着色不良，不耐贮藏，从而降低了经济价值。
三、影响枝条及花芽的质量。若在秋季施入过量氮肥，会使秋梢长度增加，落叶延迟，枝条成熟度不够，冬季易造成抽条。另外，由于新梢停止生长较晚，使枝条内养分不足，不利形成饱满壮实的花芽，影响来年果实质量及产量。
四、易引起肥料中毒。因施入大量肥料，增加了土壤溶液的浓度，使果树根系吸收水及无机盐发生困难，造成地上部萎焉，若不及时补救，将使树体因无法吸收水分而死亡。
五、造成树体营养元素的失衡。在养分离子之间存在着拮抗作用，即某种养分离子的存在能抑制另一种或多种养分离子的活性，从而影响树体对它的吸收。如在酸性土壤内氮肥施入量不宜过多，否则作物吸收钙离子就困难。过多的施用钙肥会诱发作物的锌、硼、铁、镁、锰等的缺乏症。钾肥用量一次过多会影响对钙离子、镁离子的吸收。磷肥施入量过多，也会引起对锌的吸收困难而诱发缺锌症。