进口跨境电子商务的运营成本主要包括营销成本、税务成本、物流成本(采购成本、仓储成本以及订货成本)等。而库存管理的优劣，对于跨境电商采购成本、税务成本、物流成本、仓储成本和订货成本都有较大的影响。
出口跨境电商的运营成本主要包括以下内容。
(一)平台的费用
1.入驻费用:不同平台的不同类目的入驻费用有所不同，基本年费都在1万以上。有些平台(如ebay平台)称为上架费用，有些平台(如亚马逊)称为平台费用，类似于月租费。
2.成交费用:如速卖通是按每笔成交额的5%收取，而亚马逊是按成交额的8%~15%比例收取，其他的平台也有相应的收取规则。
3.平台的推广费用:速卖通有直通车，跟淘宝的直通车类似。其他的像亚马逊，也有一些付费的推广。
4.其他费用。
(二)站外引流推广费用
这一点可参考其他书籍或资料，对于一些中小卖家来说，先做好站内流量就已经足够了。
(三)外币结汇损失的费用
跨境电商大多数以外汇(如美元、英镑、欧元等)结算，这些汇率每天都有变化，这一方面的结汇损失也要计入成本。
(四)人工成本、办公用地成本
每个企业中成本最高的应该算是人工成本了，在跨境电商企业中同样存在。
(五)运输物流成本
跨境电商与国内电商的区别除了面向的用户群体不一样之外，最大的区别就在于国际物流。所以，后面部分将着重分析物流成本。