朱巴位于南苏丹共和国的中赤道州，是南苏丹的首都和最大城市，也是中赤道州政府和朱巴县政府所在地，人口约50万，朱巴位处白尼罗河畔。朱巴机场有定期飞机航班往来苏丹的喀土穆、肯尼亚的内罗毕、乌干达的恩德培等地。
19世纪时，朱巴附近有个叫做冈多科罗(gondokoro)、充满疟疾和黑尿热病(blackwaterfever)、驻扎一支鄂图曼土耳其小规模南部边境守军的贸易站和传教区。这里也是探险家塞缪尔·怀特·贝克(samuelbaker)的基地，他在1863-1865年与1871-1873年两段时间到南苏丹和乌干达北部探险。
1922年，一群希腊商人抵达冈多科罗一带，在白尼罗河西岸建立朱巴镇。他们和朱巴当地的原住民结好，在朱巴建立日后成为商业区的贸易城镇。希腊人盖的这些屋子成为银行、旅馆和领事官邸，也是少数存留到1940年代的建筑物。
1899-1956年间，朱巴由英国和埃及共管，英国在1942年曾有过将乌干达北部和南苏丹合并的提案，但之后没有实行，反而是在1947年的朱巴会议(jubaconference)上将南苏丹和北苏丹统合为一个行政区。1955年，叛军在南苏丹城市托里特(torit)发动叛变，第一次苏丹内战爆发。内战一直打到1972年才结束，但1983年内战再度爆发，朱巴成为政府军和叛军的重要战略城市。
2005年，朱巴依据《全面和平协定》(comprehensivepeaceagreement)成为南苏丹自治政府(governmentofsouthernsudan)的首府，这份协定也终结打了21年的第二次苏丹内战。内战结束后，联合国在朱巴增派维和部队，那时朱巴的许多机构仍仰赖肯尼亚的协助管理。联合国人道主义事务协调办公室(officeforthecoordinationofhumanitarianaffairs，ocha)也在当地设立营地，为联合国机构和非营利组织提供协助。
2011年7月9日，朱巴成为南苏丹共和国的首都，南苏丹正式从苏丹共和国独立。