小型水质监测站站点的选择一般需要考虑以下几个方面的因素:
(1)地理位置
要考虑到国界、省界或区域交界处，反映上游进入下游区域的水质状况。
(2)水流状况
要考虑到水深和流速，是否经常断流，以便于在设计监测站时做出相应的处理。
(3)航运情况
考虑过往的船只是否会对监测站有影响，采水系统的设计应当尽量避免船只对其的影响，如撞坏撞沉等。
(4)交通情况
由于监测站的仪器仪表的运入、站点的维护、试剂的更换、领导的考察等都需要车辆进入，因此，一个相对较好的交通是必须满足的。
(5)通信情况
只有在比较好的通信条件下，自动监测站数据才能成功发送，因此通信条件的好坏，将直接影响到监测站与上位机的联系。
(6)电力和自来水的供应情况。
由于自动监测站一般都位于比较偏僻的区域交界处，电力和自来水的供应都经常会短缺因此建站时务必要考虑到这方面的问题以保证监测站的正常运行。