目前，在花木上应用的微生物杀虫剂种类很多，现在主要有细菌、真菌、病毒类杀虫剂等。
细菌类杀虫剂有苏云金杆菌、青虫菌等，其中苏云金杆菌(bt)是一种能产生伴孢晶体毒素，是一种胃毒性杀虫剂。苏云金杆菌对多种害虫有不同程度的毒杀作用，如棉铃虫、甜菜夜蛾、小地老虎等咬食性害虫。
真菌杀虫剂则是一种触杀性微生物杀虫剂。目前利用的主要种类有：白僵菌、轮枝菌等等。其中白僵菌对防治食心虫及蚜虫等效果较好。淡紫拟青霉能有效的防治根结线虫，对孢囊线虫也有较好的防治效果。
病毒杀虫剂是一类以昆虫为寄主的病毒类群，应用比较普遍的有核型多角体病毒、颗粒体病毒，主要对斜纹夜蛾、菜青虫等咬食性害虫起作用。
生物杀虫剂效果不错，正确施治非常重要。
首先要适期使用。生物杀虫剂杀虫机理有别于化学农药，一般要经过侵染寄生、积蓄繁殖、起效胃毒等环节才能发挥作用。在施用时，要抓住卵孵化盛期或幼虫低龄期用药。既能使药剂浸入虫卵或附在卵壳上，待幼虫孵化时染病而死，又能保证害虫取食后死亡。
其次，生物杀虫剂多具有“活性”，施药环境和使用方法的正确与否都是其发挥良好防效的关键。如施用苏云金杆杀虫剂时，一般宜选择暖湿天气的傍晚或阴天施药，并严禁与杀菌剂、碱性农药同期或复配使用。不宜久置搁放、应现配现用，以免降低药效。