受精卵细胞一一合子经过有丝分裂，形成胚，这时胚乳也迅速发育。
种子生长发育的同时，果被也在生长。经一周左右，花萼逐步脱落，切开幼果可见幼小胚珠(种子)，呈半透明状，浅绿色，长1.3毫米，宽0.7毫米。20~25天时，子房室内壁细胞小而密，周围细胞开始木化，细胞壁加厚，核层正在形成，特别是同果柄、珠柄、至果顶纵向输导组织细胞加厚，木化旺盛，向种子过度，外珠被绿色(未来的种皮)内珠被正在消失。胚乳乳白色，充满胚珠，珠心长圆锥形，胚裹位于珠心中央，胚位于胚b中，珠心下方有承珠盘，由珠脊输导组向发育中的胚供应营养物质。
发育40天左右时，种子形体大小基本确定，种皮呈乳白色，种子内部变化出现飞跃，绿色的子叶开始出现。80~90天时，子叶变成黄绿色，倒卵形，内面叶脉出现，胚根、胚轴、胚芽呈棒状，白色，种皮逐步变成棕褐色。
枣树种子不同类型，不同品种生长发育情况有很大差异。一般栽培品种往往种子发育不良，只有在育种上应用。常规生产常用发育正常的野生种做砧木。