赤枯病，常见于苗期和4年生以前幼树，随树龄增长逐渐减轻。
症状：病害初发生在苗木下部针叶和小枝上，先产生褐色小斑点，渐扩大成深褐色，致针叶和小枝枯死，并继续延至上部枝叶，还可从小枝扩大至主茎，形成深褐色溃疡状病斑。发病严重的圃地，有全部苗木被毁的危险。
防治方法：播种不宜太密，及时间苗使通风透光。氮、磷、钾肥合理配合施用，氮肥不宜偏多。发病季节（立夏至秋分）喷洒1︰1︰150～200（硫酸铜︰生石灰︰水）的波尔多液或50%退菌特500～1000倍液，每两周1次。
柳杉常见病虫害还有瘿瘤病、柳杉云毛虫、金龟子、白蚁、天牛等，主要通过加强营林措施如适地适树，合理混交等加以预防。