诊断树木病害有以下几个主要步骤，首先是正确区分侵染性和非侵染性病原，二者在病害的发生发展历史、分布规律、危害症状和是否存在病原物等方面都有显著的差异，必要时可以进行治疗诊断。其次是正确按照症状和传染性等区别不同的病原生物，有时也要借助于一些试验。
第三是应用柯赫法则确定具体的病原菌，柯赫法则的步骤是首先从病植物体上分离出与病害有关的微生物并使其在人工培养基上生长，然后进一步纯化培养物，将纯菌种接种到同种健康的植物体并使其发病，观察其是否出现与原病害相同的症状，再从接种发病组织上分离出同种微生物，这些步骤常称人工诱发试验。柯赫法则是证明一种微生物传染性和致病性的最科学的方法，目前有的生物类群由于不能人工培养而暂时无法完成柯赫法则的循环，如病毒、类病毒、植原体和绝对寄生菌物，但可以通过嫁接、传毒等方法证明其致病性，所以也被认为是病原菌。