生物显微镜是一种用来观察生物切片、生物细胞、细菌以及活体组织培养、流质沉淀等也可以观察其他透明或者半透明物体以及粉末、细小颗粒等物体的精密光学仪器。生物显微镜用来供卫生单位、高等院校、研究院所用于微生物、细胞、细菌、组织培养、悬浮体、沉淀物等的观察，可连续观察细胞、细菌等在培养液中繁殖分裂的过程等。在细胞学、肿瘤学、遗传工程学、工业微生物学、植物学等领域中应用广泛。其光学技术参数包括：数值孔径、分辨率、放大率、焦深、视场宽度、覆盖差、工作距离等。这些参数并不都是越高越好，它们之间既相互联系又相互制约的，实际应用中应当在保证分辨率的基础上根据镜检的目的和实际情况来协调参数间的关系。
使用生物显微镜前，先要把显微镜的目镜和物镜安装上去。目镜的安装较为简单，主要的问题在于物镜的安装，由于物镜镜头较贵重，万一安装时螺纹没合好，易摔到地上，造成镜头损坏，所以为了保险起见，强调操作者在安装物镜时要用左手食指和中指托住物镜，然后用右手将物镜装上去，这样即使没安装好，也不会摔到地上。
生物显微镜的使用方法
先将低倍物镜的位置固定好，然后放置标本片，转动反光镜，调好光线，将物镜提高，向下调至看到标本，再用细调对准焦距进行观察。除少数显微镜外，聚光镜的位置都要放在高点。如果视野中出现外界物体的图像，可以将聚光镜稍微下降，图像就可以消失。聚光镜下的虹彩光圈应调到适当的大小，以控制射入光线的量，整理增加明暗差。