对于较大的污水处理工程建设的基本程序主要包括四个阶段，即：
（1）项目审批立项，包括项目建设书、可行性报告、环境影响评价报告的编写；
（2）设计阶段，包括初步设计和施工图设计；
（3）建设施工
（4）竣工验收
其程序与一般建设项目相同。但对于分散式或小规模农村集中污水处理系统建设，一般有以下几个过程：
（1）工程设计。委托有资质的设计单位进行工程设计方案编写和施工图设计。在方案中明确项目目标、内容、规模、设计原则和标准，确定处理工艺、投资估算。施工图设计要能满足施工、安装和加工的需要，施工单位可据此编制施工预算。
（2）建设施工。由于农村生活污水处理工程的工程量小，施工内容主要包括污水处理设施和与其匹配的污水管网工程以及设备安装施工。
（3）竣工验收。竣工验收时考核设计和施工质量的重要环节，是污水处理工程建设项目建设的后一个环节。目前对这类工程的验收都由当地主管部门制定验收办法，主要程序有由建设方提交验收报告，主管部门现场验收。