荧光光谱仪开始用于医学成像诊断和x射线结晶学，在分析仪器方面的使用也非常好。这归结于荧光光谱具有很高的穿透身手，能透过许多对可见光不透明的物质，如墨纸、木材等。这种肉眼看不见的射线可以使很多固体资料发作可见的荧光，使照相底片感光以及空气电离等效应。那么荧光光谱仪为何有这样的效果呢？
1、穿透效果。荧光光谱因其波长短，能量大，照在物质上时，仅一部分被物质所吸收，大部分经由原子间隙而透过，表现出很强的穿透才能。x射线穿透物质的才能与x射线光子的能量有关，波长越短，光子的能量越大，穿透力越强。x射线的穿透力也与物质密度有关，使用差别吸收这种性质可以把密度不同的物质区别开来。
2、电离效果。物质受荧光光谱照耀时，可使核外电子脱离原子轨道产生电离。使用电离电荷的多少可测定x射线的照耀量，根据这个原理制成了x射线器。在电离效果下，气体能够导电；某些物质可以发作化学反应；在有机体内可以诱发各种生物效应。
3、荧光效果。荧光光谱波长很短不行见，但它照耀到某些化合物如磷、铂氰化钡、硫化锌镉、钨酸钙等时，可使物质发作荧光，荧光的强弱与x射线量成正比。这种效果是x射线使用于透视的根底，使用这种荧光效果可制成荧光屏，用作透视时调查x射线通过人体安排的印象，也可制成增感屏，用作摄影时增强胶片的感光量。
4、热效果。物质所吸收能大部分被转变成热能，使物体温度升高。
5、强大衍射、反射、折射效果。这些效果在荧光光谱仪、波长测定和物质结构分析中都得到使用。