液相色谱柱在使用前，要进行柱的性能测试，并将结果保存起来，作为评价柱性能变化的参考。在做柱性能测试时要按照出厂报告中的条件进行，只有这样，测得的结果才有可比性。
液相色谱柱的柱长及内径的选择：
长度的选择：柱越长，总柱效越高(n值越大)，柱越长，分析时间也越长。250—300mm是普遍的柱长，实验室一半以上的工作都是采用此规格柱子，一般用来分离l0到50个组份的中等至复杂混合物；500—600mm，要求较高分辨率的应用，—般用来分离大于50个组份或包含有难分离物质的复杂样品程序升温分析。
内径：柱效率与柱半径平方成反比，内径越小柱效越高，但内径越大，柱容量也增加，允许进样量就越多。当进样量超过柱容量时，则因柱内每块理论板内不能建立真正的平衡，将会导致色谱蜂畸变，柱分辨率降低，重现性不好。因此对于复杂样品需要准确分离，必须使用小内径柱子。另一方面若样品中存在具有很不相同浓度组份化合物，为了增加样品容量就必须使用内径大的柱子，目前实验室使用常见的柱子内径一般是4.6mm。
一般选择原则：分析大分子量化合物选择大孔径；对于高ph值或者碱性化合物需要选择高封端或者特殊封端的色谱柱，以改善峰形，延长使用寿命等。
现在商品化的液相色谱柱琳琅满目，根据参数可以给我们提供一个初步的选择，但由于各个仪器厂商的填料技术和键合技术都有差异，即使都是c18柱，同一品牌不同系列都有不同的功能，有能耐受低ph值的、有耐高温的、有适合碱性样品的等等。所以在选择前要好好研究参数，仔细阅读说明书，才能找到合适的色谱柱和适宜的分离方法。