自动清洗紫外线消毒器在水处理领域有广泛的用途。水处理从使用紫外线杀菌灯的方法来分，有直接把灯放入水中，称为浸没式；紫外线灯放入紫外线消毒器腔体中的套管里使用，称为过流式紫外线消毒器。
自动清洗紫外线消毒器与过流式相比，结构更简单。紫外线杀菌灯直接放在水中，这种方法可用于流动的动态水，也可用于静态水。这种处理方法要注意灯管有可能由于意外情况发生破裂；长时间处理，灯管表面会被水中藻类等污染物覆盖，将严重影响紫外线透出。
自动清洗紫外线消毒器在水处理主要应用它的杀菌功能，比如过流式紫外线消毒器设备工作原理是这样的：经水泵产生压力的一定流速的水流流过紫外线消毒器腔体内壁和能透紫外的石英套管外围，紫外线灯产生的254nm紫外线对水进行消毒、杀菌。其特点是水流流速很快，一般在石英外套流过的时间为不超过1秒，因此要求杀菌灯的紫外线强度是很高的，一般要求在表面强度超过30000uw/cm2。要产生如此高的紫外线强度，需选用高强度大功率的紫外线杀菌灯。如果仍然想通过延长时间来提高消毒效果，那么一般选用较长的灯，做较长的设备，或在外壁上处理成涡流旋转式结构，来延长水流过的时间。
汞齐灯，即汞齐紫外线杀菌灯。紫外线杀菌灯的一种，大多数为水处理杀菌灯，由于汞齐灯的高功率和长寿命，能耗和维修周期都大大缩短，成为一种可替代打压和中压汞灯的经济的选择。它们能节约能量，并仅产生极少热量，紫外输出功率是一般低压汞灯的3-10倍，能够适用的环境温度可高达90°c。
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