分析型液相色谱法在中药研究领域中的应用主要有两方面，中药质量控制和中药药动学研究。
1中药质量控制
中药为我国传统中医*药物，其在治疗和预防疾病方面的重要作用受到越来越多学者的关注。而中药现代化也成为开发中药资源的一项重大任务。中药现代化主要目的是保证中药的安全性、有效性和质量稳定可控性，这不仅要求中药材、中药饮片本身无毒或含少量毒性成分，而且要求农药残留量、重金属含量等不得超出检测限。因此，液相色谱发挥其各项优点在中药质量控制中的应用，对中药现代化起到至关重要的作用。
2 中药药动学
药动学即药代动力学，是研究药物在生物体内吸收分布代谢排泄的动态变化规律及其量-时关系，用数学模型来定量描述药物在体内的动态过程。它对中药药理学及中医临床医学的发展有重要的意义，对中药实现现代化，走向市场有重要影响。
液相色谱法-质谱法联用技术（ｈｐｌｃ-ｍｓ）集分离和检测于一体，在没有对照品的情况下可以对未知物进行定性分析，因此，该方法已经成为药物代谢研究的方法之一。陈勇等采用ｈｐｌｃ-ｍｓ法测定葫芦巴碱及其在大鼠体内的主要代谢产物，实验结果为进一步研究葫芦巴碱的生物体内代谢过程提供了科学依据。吴豪也采用ｈｐｌｃ-ｍｓ研究牡丹皮中芍药苷的药代动力学，其加样回收试验的回收率均在９５.０％～１０５％之间，且稳定性较好。提示该法符合分析要求，可用于芍药苷的药代动力学研究。