除了化学干扰，物理干扰和电离干扰也是原子吸收光谱法分析过程中常见的干扰。干扰会影响检测结果，因此在分析时需要做好消除干扰的工作。
物理干扰：
物理干扰定义为在试样转移、气溶胶形成、溶剂蒸发、试样热解、灰化和被测原子化过程中，由于试样的物理特性的改变而引起原子吸收信号强度下降的效应。物理干扰是非选择性的。
消除方法：
使用组成相同的标准样品进行校正是理想的消除物理干扰的方法。但由于分析样品的组成并不确定，也不易获得所需标准样品，所以校正方法通常采用基体模拟配制与分析试样具有相似组成的标样，有时也使用标准加入法定量。当被测组分浓度较大，分析方法的灵敏度较高时，也采用稀释法。
电离干扰：
在原子化过程中，由于自由原子的进一步电离，导致基态原子数目减少，使吸光度降低与校正曲线在高浓度区弯向纵坐标的效应称为电离干扰。这种电离干扰只存在于火焰原子吸收光谱分析法中，测定电离电位低的元素时尤为明显。原子激发也导致基态原子的减少，但在一般条件下，激发态原子数很少，不及1%，可以忽略。
消除方法：
消除电离干扰有效的方法是加入可在火焰中产生大量的自由电子以抑制电离的电离抑制剂(电子给予体)，多采用电离电位低的元素的盐做电离抑制剂。