水分是银杏生长发育的重要条件。银杏树体高大，枝叶繁茂，需要大量的水分。对银杏生长发育构成影响的是降水和空气湿度、土壤水分和地下水位等。5~7月、8~10月平均降水量低于40毫米，空气相对湿度低于70%，气温又高于28℃，则导致银杏叶早落或者叶缘枯黄。幼苗、幼树在此种情况下，生长量极低，甚至停止生长。银杏不耐积水，特别是幼苗期尤为敏感，林地土壤持水量高于80%，则根部因缺氧而腐烂，叶片枯黄。地面积水5~7天，将造成幼苗成片死亡。地下水位2米~2.5米的地方，适宜银杏生长，枝叶繁茂、根系发达。地下水位高于1.5米，则根系发育受阻，细根少，叶片小，并有风倒现象。年降水量在银杏栽培区域内，变幅较大，年降水320毫米~2000毫米范围内，主产区内年降水量在800毫米~1500毫米，只要土壤排水良好，降水量大，也影响不大。在银杏采收前的月余时间内，增加水分供给，对提高银杏的产量，有着促进作用。但在银杏花期，遇阴雨天气，则会因授粉不良，导致减产。
空气和土壤的温度，对银杏生长发育影响很大。银杏生长季节的有效起点温度为6℃~10℃，10℃以上才开始活跃，有效温度的积累值为生物有效积温。积温和年均温度，可作为银杏对温度要求的指数，以衡量银杏在某地区能否栽植的标准。年平均气温为10℃是银杏生长的低温界线，小于10℃则生长不良乃至受冻而死亡。长江流域年均气温在10℃~22℃，而以年均气温15℃~16℃为最适宜地区。年积温大于5000℃，年均稳定超过12℃的天数达200天以上，是银杏生长最适宜地区。从局部情况看，银杏能耐短暂的高温（40℃）和低温（-33℃），休眠期耐寒力增强，萌动后随萌发程度则抗寒力减弱。据研究，银杏萌芽期要求日平均气温大于8℃，枝叶生长应在12℃以上，开花期应在15℃以上。10厘米深处的土温达6℃以上，根系活动；12℃以上则生长新根；15℃~18℃时新根量最多。地温（20厘米深处）下降到10℃时，则根系停止生长，或缓慢生长。