杀菌灌装系统可提供多种安全保障措施，比如计量控制、位置控制、温度控制，防止机械损伤，保证产品质量，机器一般采用电磁流量计控制灌装容积，确保焊缝光滑平整，减少产品残留。机器配备大小工作台，适合不同包装容积产品的包装，产品阀门及灌装头运动部件采用蒸汽屏障保护，灌装室采用蒸汽杀菌。
在一般压强下，能够按照液体的本身重量进行自流形式的灌装，灌装的方式是在大于大气压强的环境下进行灌装，贮藏液体缸里面的压强大于瓶子里面的压强，需要灌装的液体就会依靠压强差异进入到瓶子里面。液体灌装机械上面比较关键的零部件是plc操作控制体系。
与无菌加工线直接相连，可以把产品灌装到无菌袋中，无菌袋是铝塑多层复合袋，能够有效地隔绝阳光及氧气，无菌袋须放在保护箱或大桶内，以适应长途运输。无菌灌装机的灌装室是无菌的，杀菌灌装系统在无菌袋口杀菌，定量灌装以及封口都是在这里通过计算机控制自动完成的。温度调节系统自动调节灌装室温度，使用蒸汽喷射方法对袋口及灌装室进行杀菌。
封口后的瓶或罐经输送带的传送，进入系统内部，在其中的各个温度区域内，产品的温度受到精细的调节。当通过隧道时，容器受到不同温度水的喷淋，也就是热水循环喷淋杀菌，温水预冷、冷水冷却阶段处理，以达到杀菌冷却功能，可使高温灌装的茶饮料降温至36-40℃，去除聚酯瓶表面的凝结水，保持瓶身干燥清洁，便于瓶装线后的套标或贴标，膜包或装箱等包装作业。
通过改进之后的操控体系明显的让机械结构变得简单化，通过实际运用场合的运行状况和控制功效检验可知，系统的自动化水准到达了设计的需求，显着的降低了操控人员的劳动工作强度，让需要进行灌装生产的生产线产量比以前提升大概30%左右，因此故障概率减小了。