由于氟塑料磁力泵轴承的冷却和润滑依赖于输送的介质，因此禁止空转，同时避免了中途停电后重新启动的问题，导致空载运行。如果输送的介质中含有固体颗粒，则应在泵进口处添加一个过滤器：如果含有铁磁性颗粒，则应添加一个磁性过滤器。
泵使用时，环境温度应低于40℃，电动机温升不超过75℃。输送介质及其温度应在泵料允许范围内(详见附表)。使用温度<100℃，金属泵使用温度<180℃，输送吸入压力不大于0.2mpa，工作压力1.6mpa，密度不大于1600kg/m3，粒径不大于30×10-6m2/s
对于输送液体中易沉淀结晶的介质，使用后应及时清洗，以排除泵内积聚的液体。运行时应定期解体检查轴承和端面动环的磨损情况。如果轴承和轴套之间的间隙大于0.5~1mm，叶轮将轴向移动。
启动并运行前注意 清理设备周围影响设备和操作人员安全的杂物。将要输送的液体灌满泵(如果泵在吸油)，打开进口阀，关闭出口闸阀，接通电源。
打开电源，检查氟塑料磁力泵的旋转方向是否正确。多台试运转3-6分钟，如有5种异常现象可投入运行。长时间停机或泵检修后使用时，拆下电机风扇罩，用手摇动汽车，检查高压涡流气泵转动是否灵活。出现问题时，安装风扇罩。