防治果树苗木病害的主要农药有：波尔多液、代森锌、托布津、多菌灵、退菌特、乙磷铝、扑海因、粉锈宁等，这类农药称为杀菌剂，主要作用在于抑制或杀灭各类病菌；防治果树苗木害虫的主要农药有：杀螟松、辛硫磷、氧化乐果、三氯杀螨醇、克螨特、水胺硫磷、溴氰菊脂、速灭杀丁等。这类农药称为杀虫剂，主要作用通过胃毒、触杀、内吸、熏蒸等不同毒杀方式杀灭害虫。另有兼治类农药，如石硫合剂，既防病又治虫。
下列几种农药不可混用：波尔多液和石硫合剂不可混用。因为这两种农药混用后会发生化学变化，生成多硫化铜，不仅降低药效，而且会造成药害。先后使用这两种农药时，也要间隔一定时间。先用石硫合剂，需间隔20至25天后可喷用波尔多液；先喷用浓尔多液，需间隔25至30天才可使用石硫合剂。波尔多液和石硫合剂与多数杀虫剂，如辛硫磷、三硫磷、磷胺、敌敌畏、三氯杀螨醇、克螨特、西维因等均不可混用，混用后则导致药剂分解而失效。微生物杀虫剂，如白僵菌、青虫菌，不可与微生物杀菌剂，如井岗霉素、春雷霉素混用，否则微生物会被杀伤而降低药效。油乳剂、皂液与多数杀虫、杀菌剂不可混用，混用则会造成药剂分解或沉淀而降低药效。有机磷农药与溴氰菊酯混用，虽能增加杀虫效果，但也能增加对人的毒性。