离子阱质谱仪的分类有多少种利用离子阱作为分析器的质谱仪称为离子阱质谱仪。目前使用最多的是由高频率电场进行离子封闭的保罗阱(paul trap)。由一个双曲面截面的环形电极和上下一对端电极构成。封闭在真空池内的离子，通过高频电压扫描，将离子按m/z从池中引出进行检测。离子阱质谱仪是一种低分辨时间串联质谱仪。可以进行msn的测定(通常n=2-6)。而且价格比其它类型的串联质谱仪便宜。目前在有机物定性方面得到了很广泛的应用。
离子阱质谱仪种类有多种。
1、按分析目的可分：化验室离子阱质谱仪和工业离子阱质谱仪。
2、按分辨率可分：低分辨离子阱质谱仪、中分辨离子阱质谱仪和高分辨离子阱质谱仪。
3、按联用方式可分：离子阱气质联用仪、离子阱液质联用仪和等离子体离子阱质谱仪等。
4、按分析对象的属性可分：离子阱有机质谱仪、离子阱无机质谱仪和离子阱同位素质谱仪等。
5、按用途可分：离子阱生物质谱仪、离子阱制药质谱仪、离子阱化工质谱仪、离子阱食品质谱仪、离子阱医用质谱仪、离子阱菌体质谱仪、离子阱维生素质谱仪、离子阱啤酒质谱仪、离子阱淀粉质谱仪、离子阱发酵液质谱仪、离子阱矿物油质谱仪、离子阱原油质谱仪、离子阱试验质谱仪和离子阱专用质谱仪等。