气相色谱仪的注射器是精密仪器，应小心使用。使用前后请仔细清洗注射器。清洁针管的小孔，玻璃注射器和小心地安装针杆并不是简单的事情，但是必须延长气相色谱仪注射器的使用寿命，如果气相色谱仪注射器立即清洗后将更加有效和容易。使用。当针头堵塞或注射器被污染时，不得再次使用注射器。
简单的清洁程序包括通过气相色谱仪注射器泵送表面活性洗涤剂溶液，通过注射器，然后使用蒸馏水，后用有机溶剂如丙酮或其他酮清洁注射器和针头。切勿用手指触摸针头表面。手指的汗液或污垢会导致针头粘在玻璃管上而不会移动。
低气体纯度对气相色谱仪的影响：
1、气相色谱仪各类过滤器加速失效；;
2、调节阀(调节阀，稳流阀，针阀)受到污染，空气阻力受阻，气相色谱仪调节精度降低或发生故障;
3、气路系统受到污染。如果气相色谱仪要在高灵敏度下操作，有时可能需要长时间清洗(可能超过一周)。