北京针式过滤器在实验室中应用广泛，不需要换滤膜和清洗滤器，节省工作时间。主要应用于色谱分析中流动相及样品的过滤，色谱分析中流动相及样品的过滤样品预滤、澄清除颗粒、液体和气体的除菌过滤。北京针式过滤器使用方法：
1、在吸入样品前，先向注射器中吸取约1ml的空气，这样可以使液体残留小化
2、将样品吸入注射器中，倒置注射器并将顶端的所有残留物清楚干净
3、将过滤器连接到注射器上，轻轻拧紧保证良好密封
4、将注射器内的样品过滤后注入样品瓶中，然后按步骤提高回收率，取下过滤器、将空气吸入注射器、重新连接过滤头、推出所有残留样品
选择滤器要考虑的因素：
北京针式过滤器处理色谱样品时，要避免其它杂质物在过滤过程中引入。这种杂质物的出现可能为：外壳材料或滤膜会脱落颗粒物而带入到滤液中。因而滤膜和外壳结构的材料非常重要，不同类型的滤膜适用于不同性质的样品
1)亲水性样品：选用亲水膜片，对水有亲和力，适合过滤水为基质的溶液。可用的滤膜有：混合纤维素酯、聚醚砜（pes）nylon等。
2)强腐蚀性有机溶剂：一般采用疏水性膜，如ptfe、聚丙烯（pp）等材质的滤膜。
3)蛋白溶液：选择低蛋白吸附的滤膜，如pvdf滤膜。
4)离子色谱：通常认为pes滤膜比较适合低无机离子的溶液的过滤。