1、人工防除
对匍匐发生的微甘菊，可直接铲除，对缠绕植物向上攀爬的微甘菊，可对其下部茎进行铲、割处理。人工防除薇甘菊要仔细清楚地面残留根、茎、枝等并全部拣除，带出田外集中焚烧销毁，做到斩草除根。更有效的方法是铲除薇甘菊的根、茎、叶，挖深加入鸡粪、尿素，表层用薄膜盖上，40天后可做农家肥。
2、化学防除
①农田防除。甘蔗田在中耕后的5-6月中旬，杂草没有萌发或杂草刚破半时每亩用48%莠去津可湿性粉剂250ml兑水30kg进行封闭处理，杂草盛发期6-8月，可用草甘膦铵盐可湿性颗粒160g或20%百草枯水剂每亩200ml兑水30kg进行喷雾防治，或20%百草枯asi500-2000倍液喷雾防治。
②果园防除。用75.7%草甘膦铵盐可溶粒剂每亩160g兑水30kg均匀喷雾防治，或用74.7%农民乐可湿性粒剂进行防治。
③荒地防治。可用75.7%草甘膦铵盐160g兑水30kg均匀喷雾防治，或用74.7%农民乐可湿性粒剂进行防治。
④林地防治。88%飞宏达可湿性粒剂或75.7%草甘膦铵盐可溶粒剂1000倍液对地面薇甘菊根、茎、叶进行定向均匀喷雾防治。
⑤水源地防治。对河埂沟堤薇甘菊每亩可用160g草甘膦30kg均匀定向喷雾防治。注意事项：用药后插上明显的警示牌，避免造成人畜中毒或其他意外。
3、持续防控
①避免薇甘菊入侵。提高农业生产水平，精耕细作，加强田间管理，不砍伐森林、不烧荒、不撂荒山地。
②被害地复耕和管理。进行薇甘菊防除后，种植农作物的田地要加强管理，空地要及时复耕，栽种农作物，防止薇甘菊再度发生为害。
③防除时间。薇甘菊再生力强，在其生长盛期的3-4月防除效果较差，薇甘菊进入生殖生长期，开花至种子成熟前10-12月防治效果较好。
④反复防控。采取防除措施后，要随时进行检查，对残存或重新萌生的薇甘菊，再进行人工铲除或药剂防除2-3次。