常见的幼苗侵染性病害有猝倒病、立枯病、叶斑病、炭疽病等。这些病往往会在短期内造成苗木大量死亡，给苗农带来很大损失。现介绍几种综合防治措施。
选好圃地应选水源较好而地势较高的轻粘壤土或沙壤土作圃地，坚持轮作制，不在同一块圃地连续培育同一种苗木，土壤要事先消毒。①福尔马林消毒。每平方米苗圃用福尔马林50毫升加水10千克均匀喷洒地表，然后用塑料薄膜或草袋覆盖，闷10天左右揭开覆盖物，使气体挥发，两天后可播种。②多菌灵消毒。用50%的可湿性粉剂，每平方米拌1.5克。③五氯硝基苯消毒。每平方米苗圃地用75%五氯硝基苯4克、代森锌5克，混合后再与12千克细土拌匀，播种时下垫上盖，对炭疽病、立枯病、猝倒病、菌核病等有特效。④硫酸亚铁消毒。用3%的硫酸亚铁溶液处理土壤，每平方米用药液0.5千克，可防治针叶花木的苗枯病，桃、梅的缩叶病，兼治花卉缺铁引起的黄化病。
种子消毒播前应精选种子，淘汰病、弱种子，用0.3%～0.5%的高锰酸钾溶液浸种0.5～1小时或将种子用50℃温水浸种24小时，然后将下沉的种子取出用0.2%的福尔马林溶液浸种30分钟，取出后再闷2小时。也可用0.5%～1%硫酸铜溶液浸种1～2小时，然后捞起种子用清水冲净药液，阴干后适时播种。
药剂治疗从出苗期开始，每隔7～10天每亩苗床用0.5%～1%的波尔多液50～75千克喷洒林木幼苗，使幼苗外部形成保护膜，防止病菌侵入。发病后，及时清除病苗，在病苗穴周围撤石灰粉，以防止蔓延。并每隔10～15天施药1次，每亩用敌克松500～800倍液100千克，或65%的代森锌300～800倍液1000千克喷雾，也可用8∶2的草木灰石灰粉混合后适量撒施于苗床上进行治疗。