塑料大棚内虽然湿度较大，容易引起病害的发生和发展，但由于棚内减少了风雨对病菌的传播，同时棚内温湿度可以人为控制，因此，也有有利的一面。
1．炭疽病 山茶、米兰、万年青、君子兰、兰花、月季等花卉易受其害。发病初期可喷洒75％百菌清500倍液，或70％甲基托布津1000 倍液。如果病重应每隔7至10天喷药一次，连续喷两三次。
2．白粉病 在棚内高温多湿、通风不良和光照条件差的环境下发病严重，尤其是瓜叶菊受害最重。可喷1∶1∶140 等量式波尔多液，25％粉锈宁可湿性粉剂1000 倍液。
3．虫害 虫害主要有蚜虫，易集中为害花卉幼嫩的叶芽、叶片、花蕾等部位。发生后可喷洒5％锐劲特800倍液，或2．5％敌杀死1500 倍液，或25％功夫乳油1200 倍液，灭杀率均可达到95％以上。