使用超纯水设备时有一定的规则，用户需要按照这些规则进行操作。首先，使用设备时不要立刻进入工作状态，需要先预热，等待十分钟后，再进行操作。
其次，当设备运行到一段时间之后，会出现设备发热的情况，这种情况属于正常的，但当设备运行一段时间后，需要让设备暂时休息一会。
再次，使用超纯水设备的工作时间每天维持在八小时，十小时也是可以的，不过运行时间每天8小时为佳。
然后，在使用一段时间后，用户要对设备进行清洗，使受到污染的设备恢复原有的性能。而在恢复设备性能的同时，还要尽量保证清洗的安全，不伤害到超纯水设备。
后，有厂家给出了设备*停机，用户在离岗情况下采用的方案步骤：，预处理设备排空，避免死水产生;第二，采用膜厂商指导药剂配方浸泡反渗透膜(有在线清洗系统的设备可在线将保护液注入反渗透膜中，无此功能的纯水设备需要将反渗透膜拆下，在适当容器中浸泡);第三，设备间要保持透风的状态;第四，定期对水泵保养，盘动叶轮，防止轴承锈死以后运行时超电流。
对于超纯水设备的日常运行，专家也给出了建议。超纯水设备的机械过滤器要定期反洗，反洗时进行压缩空气气体摩擦，反洗合格后静置10分钟左右再正洗。
正洗出水合格后方可投入使用，不要将空气带入反渗透，要在不影响sdi值的情况下，尽可能延长机械过滤器的运行时间，这样既减少了切换过滤器对出水水质的冲击，又节约了大量反洗用水。
此外，还要定期检查、及时更换精密过滤器滤，防止滤芯因安装或质量问题发生泄露所引起的反渗透膜的颗粒污染。当精密过滤器进口压差大于0.15mpa时，应更换滤芯。
“一般情况下是每月检查一次，2～3个月更换一次滤芯。运行时还应经常检查精密过滤器内是否有气体，不能让空气带入反渗透膜。对备用或*停运的精密过滤器，要采取加甲醛保护的方法防止细菌大量繁殖。”专家说。
用户还要定期对给水水质进行化验分析，根据实际情况及时调整絮凝剂、杀菌剂、还原剂及阻垢剂的加药量。
防止絮凝剂穿透过滤器与阻垢剂反应影响阻垢效果，或污染反渗透膜;防止杀菌剂用量不足而使反渗透膜受细菌污染，或因杀菌剂过量而使膜被氧化;防止阻垢剂含量不足使浓水结垢而导致膜化学污染。
需要提醒的是，停用的超纯水设备应定期低压冲洗，尤其是夏天，应做到每班冲洗一次。比如停运时间大于7天，应采用0.5%~1%的亚硫酸氢钠或0.5%~1%的甲醛溶液对反渗透膜进行维护，并应及时检测保护液的ph值和浓度。
另外，当与初始投用状态相比，标准化的反渗透装置产水量下降10%，或在特定条件下产水含盐量明显上升，或压差增加了15%时，应对反渗透膜进行及时清洗。