金花茶主要病害有炭疽病、赤叶枯病、烟煤病等，主要虫害有蚜虫、介壳虫等。
金花茶炭疽病主要有危害叶片、果实、嫩梢和嫩芽、防治方法是严格进行种苗检疫，发现带病苗木立即销毁，播种前，用0.2的赛力散或50%的退菌特1000倍液浸种24h，早春喷1%的波尔多液，6~8月每月喷1%的波尔多液加1%~2%的茶麸水。
金花茶赤叶枯病是苗圃上常见的叶部病害，可在苗圃地搭盖阳棚遮荫，干旱时增加叶片喷水，或发病初期用70%托布津1000~1500倍液或20%灭菌丹400倍液喷洒防治。茶蚜3月中旬开始危害，5~6月严重。蚜虫大量发生时，成群危害嫩枝、嫩叶、花蕾，造成叶片皱缩，并引起煤烟病的发生，影响植株生长。防治方法是蚜虫发生初期，用50%乐果乳剂1000倍液喷洒蚜虫集中危害的林木。