1．选用优质的琼脂糖：不同品牌的琼脂糖在质量上有较大的差异。劣质琼脂糖会导致dna条带模糊，甚至条带缺失。因此请尽量选择质量稳定可靠的品牌。
2．选择适当的凝胶浓度：
琼脂糖凝胶的线性dna分辨范围
3．凝胶制备：配制凝胶和电泳应选用相同的1x缓冲液；使用的容器体积至少是凝胶溶液的3倍，以免溶液沸腾时溢出；制胶过程中尽量赶除气泡；根据样品的浓度和体积选择适当大小的梳子。
4．选择适当的电泳缓冲液：genstar® sd缓冲液（cat. no. e101-50）和tbe缓冲液适用于分离比较小的dna片段，tae缓冲液（cat. no. e102-50）适用于分离比较大的dna片段；缓冲液应及时更新；胶回收纯化应使用新鲜配制的1x电泳缓冲液，以防核酸酶和dna杂带污染。
5．核酸样品的准备：提取的dna样品应去除蛋白和多余的盐分等杂质；pcr样品应尽量在24小时内电泳检测，否则条带容易模糊。
6．上样缓冲液：所有泳道应使用相同的上样缓冲液，以防止因离子强度不同造成条带迁移率偏差。
7．适量上样：上样过多会导致上样孔超载，出现拖带现象；上样体积过小可能导致条带亮度不均。
8．电压及电泳时间：根据电泳槽型号、凝胶浓度、电泳缓冲液种类和目的条带大小等选择适当的电压和电泳时间。使用genstar®sd电泳缓冲液时，电压设置为20~35 v/cm胶长；使用tae或tbe缓冲液时，最大电压以不超过20 v/cm胶长为宜。