倒置显微镜是一种结构型态，相差显微镜是一种功能划分，两者无法直接对比。倒置显微镜配备相差环板来实现相差
倒置生物显微镜通常属于相差显微镜。倒置显微镜的透射光源在载物台上，物镜在载物台下，故称“倒置显微镜”。倒置生物显微镜的透射光源和物镜都是长工作距离设计，通常会配备推拉式相差环板和相差物镜，可实现相差观察功能，以便观察接近透明的未染色细胞等样品。
正置也能实现相差（升级荧光和相差后的cx43）
正置显微镜也可以实现相衬观察，只是相对少见。简易的正置相衬使用类似倒置的推拉式相差环板，搭配带插槽的聚光镜，由于尺寸更小，精密度要求更高，而且可能还会有漏光等问题，更可靠的设计是转盘式切换的聚光镜，这是很多正置显微镜实现相衬切换的思路。
相差可以观察透明细胞样本
相差显微镜指能进行相差观察的显微镜，相差观察又称相衬观察、泽尼克相衬法观察，是一种利用相位差物理原理提升透明样品对比度的技术，主要用于未染色的细胞等样品，这些样品在明场下几乎是透明的，难以看清，而染色则会影响其活性因而不适用，通过相差观察，样品物质和厚度的差异将会转化成对比度，从而揭示明场观察无法看清的细节。
相差不适合看厚的和楔形的样品，升级dic解决
相差观察的优点很明显，它可以不用染色就看清培养皿中的细胞和水中的微生物等样品，十分方便且实现成本低，局限在于不适合厚度大的样品，以及楔型结构的样品，这些样品可能需要用dic微分干涉相衬或者hmc霍夫曼调制相衬来进行观察，前者具有非常好的立体感和的细节表现能力，但成本高，后者虽然会有色差问题，但能以显著更低的成本实现类似dic的强立体感，适合批量部署，因此在ivf辅助生殖等领域会有应用。
除常规相差，还有特殊的负相差
相衬观察还有正负和对比度高低之分，常见的相衬是正相衬，背景是亮色的，样品被高亮光环包围。而负相衬背景呈暗色，类似暗场，样品主体会呈高亮。负相差物镜有高对比（nh）和中对比度（nm）区别，会标记在物镜上。
无限远倒置荧光显微镜合成图像
最后还有一点需要补充的是，固定筒长显微镜和无限远光学显微镜在相衬使用上的一个区别。在切换相衬和荧光观察方式时，需要把光学元件移入和移出光路，对于固定筒长显微镜来说，额外的光学元件移入后，需要做补偿以满足固定筒长需要，作为结果，不同观察方式会有一定的成像倍率差异，视野不是一致的。
无限远光学显微镜可以做到相衬成像视野和荧光成像视野一致，因此可以拍摄合成出有轮廓感/立体感的细胞荧光图像。一般这需要先用平场消色差相衬物镜拍摄相衬，然后切换到半复消色差物镜拍摄荧光，以免损失荧光亮度，为了方便用户进行这种拍摄，明美还推出了半复消色差相衬物镜，可以一个物镜把相衬和荧光都拍好。