磁力搅拌器主要分为台式磁力搅拌器、下置磁力搅拌器和上置磁力搅拌器等。下置磁力搅拌器往往安装在罐底斜底部，底部安装方式可实现罐体的低液位搅拌，无机械密封也无需安装挡流板因此应用更为广泛，已成为生物制药市场的主流。
①低速、低剪切力型磁力搅拌器(50-490r/min)。主要用于含有蛋白质、多肽类生物大分子、悬浮细胞等组分的液液混合、易溶性固体的溶解、容易互溶的液液混合与热传递，尤其适合于血液制品、蛋白质、多肽、悬浮动物细胞等对剪切力敏感、或者均一性混悬液在终产品灌装前的混匀。
②中速、中度剪切力型磁力搅拌器(50-1800r/min)。主要用于培养基配置、不含蛋白质/多肽类组分的无菌制剂配液混合、大体积无菌液体的混合、大体积无菌缓冲液的制备和大体积易溶固体的溶解。
③高速、高剪切力型磁力搅拌器(350-5200r/min)。主要用于水和油的乳化、固体难溶物的剪切分散、增大液体的溶氧量等。高剪切力型磁力搅拌器的阳轴承上有定子或剪切内刃，转头时动子或剪切外刃，转头、阳轴承及焊接板的上部*与料液相接触，当搅拌器运转时，固体颗粒或者液滴在动子处被加速，与定子发生剧烈碰撞后被减速，再被加速并碰撞，或者颗粒与颗粒之间发生剧烈碰撞，从而使颗粒物由大变小，形成均一的小粒径。另外，在高速、高剪切磁力搅拌器的基础上衍生出来的在线型高速搅拌器，可以和罐体形成自循环结构。