由于可编程控制器应用的广泛性，各种机型所具备的指令系统也就不完全相同。从工程应用角度看，有些场合仅需要逻辑运算，有些场合需要复杂的算术运算，而且一些特殊场合还需要专用指令功能。从可编程控制器本身来看，各个厂家的指令差异较大，但从整体上来说，指令系统都是面向工程技术人员的语言，其差异主要表现在指令的表达方式和指令的完整性上。有些厂家在控制指令方面开发得较全，有些厂家在数字运算指令方面开发得较全，而大多数厂家在逻辑指令方面都开发得较完善。在选择机型时，应从指令系统方面注意下述内容：
(1)指令系统的总语句数。它反映了整个指令所包括的全部功能。
(2)指令系统的种类。主要应包括逻辑指令、运算指令和控制指令，具体的需求则与实际要完成的控制功能有关。
(3)指令系统的表达方式。指令系统表达方式有多种，有的包括梯形图、控制系统流程图、语句表、顺控图、高级语言等多种表达方式;有的只包括其中一种或两种表达方式。
(4)应用软件的程序结构。程序结构有模块化的程序结构和子程序式的程序结构，前一种有利于应用软件编写和调试，但处理速度慢，后一种响应速度快，但不利于编写和现场调试。
(5)软件开发手段。在考虑指令系统这一性能时，还要考虑到软件的开发手段。有的厂家在此基础上还开发了专用软件，可利用通用的微型机(例如ibm-pc)作为开发手段，这样就更加方便了用户的需要。