决定离子色谱仪分离方式的主要因素是待测离子的疏水性和水合能。
1、水合能高和疏水性弱的离子，如clˉ和k+，尽量用离子交换色谱分离。
2、水合能低和疏水性强的离子，如高氯酸（clo4ˉ）和四丁基铵，尽量用亲水性强的离子交换分离柱或离子对色谱分离。
3、有一定疏水性也有明显水合能的pka值在1至7之间的离子，如乙酸盐和丙酸盐，尽量用离子排阻色谱分离。
4、有些离子既可用阴离子交换色谱分离，也可用阳离子交换色谱分离，如氨基酸、生物碱和过渡金属等。
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