历史文化区别
包种茶盛产于台湾北部，与冻顶乌龙茶并称为台湾两大名茶，素有北包种，南乌龙的说法。包种茶的由来，据日人井上房邦氏之调查报告指出，包种茶是由福建泉州府安溪县人王义程氏所创制，仿武夷岩茶的制法制造安溪茶，并由他倡导及传授制法。
普洱茶名重天下，源于东汉，兴于唐宋，盛于明清。主要产于云南西双版纳等地，因自古以来即在普洱集散，因而得名。普洱茶是采用绿茶或黑茶经蒸压而成的各种云南紧压茶的总称，包括沱茶、饼茶、方茶、紧茶等。普洱茶的历史可以追溯到东汉时期,距今已达两千年之久。民间有“武侯遗种”之说，武侯是指三国时期的丞相诸葛亮，故普洱茶的种植利用，至少已有1700多年的历史。千百年来，普洱茶深受广大消费者青睐，皆因茶质优良。
制作工艺区别
台湾包种茶的初制工艺依次分为日光萎凋、室内萎凋、炒青、揉捻、初干、焙干等工序。
普洱茶有其独特的加工工序，一般都要经过杀青、揉捻、干燥、渥堆等几道工序。鲜采的茶叶，经杀青、揉捻、干燥之后，成为普洱毛青。这时的毛青，韵味浓峻、锐烈而欠章理。毛茶制作后，因其后续工序的不同分为“熟茶”和“生茶”经过堆闷转熟的就成为“熟茶”再经过一段相当长时间贮放，待其味质稳净，便可货卖。贮放时间一般需要3——5年。
“生茶”指毛茶不经过堆闷工序而完全自然转化。自然转化的进程相当缓慢，至少需要5——8年。完全稳熟后的生茶，其陈香中仍然存留活泼生动的韵致，且时间越长，其内香及活力亦发显露和稳健，由此形成普洱茶“做新茶卖旧茶”的形式。
冲泡口感区别
包种茶水色蜜绿鲜艳带黄金，香气清香幽雅似花香，滋味甘醇滑润带活性，包种茶最注重香气，香气越浓郁质量越高级。
普洱茶口感丰富多变，地域山头不同、年份不同、拼配和古树，口感也不一样。各个山头地域、年份均有其独特的滋味，例如老班章以刚猛霸道著称，而易武则以阴柔细腻闻名。由于普洱茶有越陈越香的特性，存放时间长的茶就要比新茶醇厚浓郁，刺激性减弱，价格也要贵的多。好的普洱茶可以一般能冲二十余泡，而茶味却是愈见香浓。
功效与作用区别
包种茶含有丰富的营养保健成分，可强心、利尿、消除疲劳，有解除尼古丁及酒精中毒的功能，更有消除血脂肪、防止血管硬化的妙效。
普洱茶功效的现代研究共列述20项，即减肥、降脂、防治动脉硬化、防治冠心病、降压、抗衰老、抗癌、降糖、抑菌消炎、减轻烟毒、减轻重金属毒、抗辐射、兴奋中枢神经、利尿、防龋齿、明目、助消化、抗毒、灭菌、预防便秘、解酒及其他，部分功效是与中医有关，如兴奋中枢神经与少睡有关、利尿与排毒有关等。还能能帮助消化，有效刺激人体新陈代谢加速分解小腹的赘肉。