国家赔偿机构在不同侵害行为发生时所确定的结果不同，例如是由行政机关及其工作人员侵犯到公民的合法权益时，赔偿机构应当为该行政机关；而法律法规授权组织侵犯的，则是由被授权的组织作为赔偿机构。
一、国家赔偿机构如何确定
国家赔偿机构的确定如下：
1.行政机关及其工作人员行使职权侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，该行政机关为赔偿义务机关
2.两个以上行政机关共同行使职权时侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，共同行使行政职权的行政机关为共同赔偿义务机关
3.法律、法规授权的组织在行使授予的行政权力时侵犯公民，法人和其他组织的合法权益造成损害的，被授权的组织为赔偿义务机关。
4.受行政机关委托的组织或个人在行使受委托的行政权力时侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，委托的行政机关为赔偿义务机关；
5.赔偿机关被撤销的，继续行使其职权的行政机关为赔偿义务机关；没有继续行使其职权的行政机关的，撤销该赔偿义务机关的行政机关为赔偿义务机关。
二、国家赔偿包括哪些内容
国家赔偿项目包括这些内容：
1.侵犯公民人身自由，每日赔偿金按照国家上年度职工日平均工资计算；
2.侵犯公民生命健康权，赔偿医疗费等费用；
3.侵犯公民财产权利，按照财产的实际损失赔偿。
三、国家赔偿诉讼时效
《国家赔偿法》规定的赔偿请求人请求国家赔偿的时效为两年，自其知道或者应当知道国家机关及其工作人员行使职权时的行为侵犯其人身权、财产权之日起计算，但被羁押等限制人身自由期间不计算在内。
在申请行政复议或者提起行政诉讼时一并提出赔偿请求的，适用行政复议法、行政诉讼法有关时效的规定。赔偿请求人在赔偿请求时效的最后六个月内，因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，时效中止。
从中止时效的原因消除之日起，赔偿请求时效期间继续计算。从侵权事实被确认之日其计算。赔偿请求人在赔偿请求时效的最后6个月内，因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，时效中止。从中止时效的原因消除之日起，赔偿请求时效期间继续计算。