巴氏杀菌机由杀菌段跟冷却段两大部分组成，中间间隔短为一米，用于瓶装旋盖，二次旋盖的目的是让产品在冷却之后能够达到真空的目的，保证产品的品质。
设备运行方式采用链板传送跟滚杠传送，提高了产品输送的稳定性。整机运行速度可调，温度可调，适合不同产品的工艺需求，满足客户多样性的产品工艺。巴氏杀菌机杀菌段分两段，每段配备2个循环水泵，一段为为预热段，水温控制在60度左右，其主要作用是防止玻璃瓶破碎。二段为杀菌段，高温度可达到95度，根据产品的不同，杀菌温度可调控。冷却段分为预冷跟冷却段，预冷温度控制在60度左右，冷却段采用常温水冷却。
巴氏杀菌机整机各段配备一个循环水箱，在保证加热温度均匀的同时，节约了能源，达到水循环重复利用的效果。