根据基础尺寸制作混凝土基础，同时埋设氟塑料磁力泵基础螺栓。安装前应检查泵和电机，各部件应完好无损，泵内不得有杂物。将整体置于基础上，在底板与基础之间设置减震块，通过调节减震块，找到泵的液位。对齐后，拧紧地脚螺栓。
进出口管路应有支撑，不能用它来支撑力。进出口管径应与泵进出口口径一致。
安装时，应先连接进口管，充液后再连接出口管，以校正转向。泵的进水管须与泵相匹配，总长度不能超过5米，否则会影响自自吸功能。自吸高度可按以下公式计算：自吸3m/介质密度=实际自吸高度。
安装好后，用手转动联轴器，检查有无划伤。转动方便、均匀，安装完成。不能输送含有颗粒、易结晶的液体，不允许在排放口关闭的情况下连续运行，流量须保持在较小值。
为防止杂物进入，入口应安装过滤器，过滤面积须大于管道截面积的3～4倍。对于高扬程的，出口管上还须安装止回阀，以防止因突然停机而造成水锤损坏。
注意，氟塑料磁力泵的安装高度应与泵的汽蚀余量相一致，并应考虑管道损耗和介质温度。