1、砧木选择的原则
一是适宜的生态条件。即所选砧木，要适宜椪柑种植区的生态条件。二是砧木与接穗的亲和性。为使椪柑的嫁接苗正常生长发育，早结果、丰产、稳产和优质，砧穗组合亲和性必须好，以防因亲和性影响产量，特别是未老先衰。三是抗性强。所选砧木品种应具有抗病虫、抗寒、抗旱和抗盐碱等优良性状。四是苗圃性能好。即砧木种子采集容易、收种量多，繁殖方便，出苗率、成苗率和优质苗率高。五是高度的多胚性。单胚品种和少核品种一般不宜作砧木。椪柑的砧木应是多胚的品种。
2、椪柑适宜的砧木
椪柑可选用枳、福橘、酸橘、红橘、福橘和椪柑等。
枳：枳砧椪柑早结果、丰产，其树冠长势在结果前生长快，此为投产后迅速进入丰产期打下良好基础。投产后树冠生长缓慢，为矮化密植、增加单产、方便管理提供了有利条件。缺点是果实品质稍逊，果实较红橘砧不耐贮藏，丰产后树势易衰退，必须加强管理，增强树势。
福橘：砧穗亲和性好，嫁接口光滑，无明显界线，植株生长快。早期产量比红橘砧稍低，果实出汁率、风味较枳砧椪柑浓，化渣性也好于枳砧，果实果皮光滑，耐贮性强。缺点是前期产量偏低。
酸橘：砧穗亲和，长势壮旺，树冠高大，寿命较长，果实品质好，缺点是结果迟、丰产迟，是广东、广西椪柑的主要砧木。
红皮山橘：与酸橘相似，是两广椪柑采用的砧木。
椪柑：结果较枳砧椪柑迟，丰产也稍晚，但后期产量高，果实品质好，福橘、椪柑是福建椪柑产区的传统砧木。