中型水丸机其工作原理是将混合、炼制均匀的药料膏坨送入制丸机料斗中，通过翻板翻转挤压，在推进器的作用下，药条由两侧料嘴挤出。当药条到达一定长度时，由自动切刀切断，再由分配器以每秒一次的速度将药条送入搓辊。辊刀的位置和输送带松紧可分别通过微调装置进行调整，改变丸粒大小和重量可通过更换相应规格的制丸刀辊实现，操作方便。
中型水丸机丸剂的制作工艺，经验之谈：
1、丸剂在生产过程中原料药带菌是污染的主要环节，应采取适当的方法进行灭菌，常用方法有水洗法、气体灭菌法、热压灭菌法等，灭菌不应破坏药物的有效成分。全自动水丸机等制丸工具、设备、生产环境及个人均应注意清洁卫生，以提高丸剂的质量。
2、中型水丸机制丸药材研粉。有时不宜共研，如贵重类、粉末类及挥发性药物应分别研细，再行称准混合，以防止与原定分量之差异。粘合剂与药物细粉混合应按一定比例进行。
3、中型水丸机制丸时。粘合剂与药粉混合应充分均匀，粘合剂温度不宜过高，尤其组方中含有挥发性或遇热易破坏有效成分的药物时，更须注意，以免影响药效。
4、丸剂干燥时应注意经常翻动。以免干湿掺半或爆裂，影响质量。采取不同的方法。含芳香性药物或贵重药物的丸剂。
5、丸剂贮存应根据药物性质。多用瓷制或玻璃制的容器贮存，一般丸剂可用蜡纸封存。应注意防潮、防霉、防虫蛀。水丸、糊丸及浓缩丸均不宜久贮。