质谱仪，是利用电磁学原理，使带电的样品离子按质荷比进行分离的装置。将质谱技术应用于微生物的鉴定与检测时，人们可通过质谱图，判断样品中是否含有微生物的某些化学物质，这些物质，也称为生物标志物。
据百度百科描述，生物标志物是指可以标记系统、器官、组织、细胞及亚细胞结构或功能的改变或可能发生的改变的生化指标。因此，该类物质对于疾病诊断、判断以及微生物的鉴定具有重要意义。
目前，可用于微生物检测、鉴定的质谱技术，有气相色谱-质谱联用技术(gc-ms)、基质辅助激光解析飞行时间质谱(maldi-tofms)、电喷雾质谱(esi-ms)、热裂解亚稳态原子轰击质谱(py-mab-ms)等。
相关论文资料显示，气相色谱-质谱联用技术，主要用于分析微生物中的脂肪酸、糖类等小分子物质。另外，为便于检测，样品还需接受分离培养、菌落收集、微生物细胞皂化等多个处理步骤，这使样品制备变得更为繁琐、复杂。不仅如此，气相色谱-质谱联用技术在易热裂解、不易挥发的大分子生物的检测上，也有一定的局限。
而基质辅助激光解析飞行时间质谱，则主要通过微生物蛋白质表达谱中的特征谱峰鉴定，以及细菌分类。电喷雾质谱与之相类似，是通过分析蛋白质、脂质、核酸等大分子物质来鉴定微生物种类的质谱技术。
后谈及的，便是热裂解亚稳态原子轰击质谱技术，该技术以可实现对尿液、食品等复杂混合物的直接分析为优势，是一种能够分析全细胞热解产物的质谱技术。