分子荧光分析有各种特长，但也有其弱点，由于它对环境因素特别敏感，所以在荧光测定时，干扰因素也比较多，很容易受污染，检测时要特别注意。
分子荧光光谱仪的特点：
1.灵敏度高，分子荧光法可以采用高强度的光源和高灵敏度的荧光检测系统，从而大大地提高了它的分析灵敏度。
2.干扰少，只有一部分分子能在紫外-可见光区产生吸收后发射荧光，因此分子荧光法的固有干扰少。
3.选择性强，发射光谱与激发光谱都可以用来鉴定物质。
4.试样量少且方法简便。
5.能同时提供较多的物理参数，包括激发光谱、发射光谱、荧光强度、荧光总量、极值峰位等。
注意事项：
1.在使用波段范围内，选用的溶剂应无吸收才好。另外溶剂中也不应含有卤素、硝基化合物或重金属离子，否则会降低荧光强度。
2.荧光的污染源很多，如活塞的润滑油 、橡皮塞和软木塞、去污粉、洗液、滤纸和微生物等。因此试验器皿须用1: 1hno3浸泡24小时或煮沸，再用蒸馏水洗净，凉干备用。
3.随熄灭剂浓度的增加熄灭作用也会增大。对试液进行稀释可消除或降低荧光的熄灭作用。
4.在非极性溶剂中加一点极性溶剂，常常可以减少有机溶剂表面吸附损失。