1、芍药灰霉病：
是芍药生长过程中重要病害之一。叶、茎、花均能受到危害，一般在花后发生严重。叶片受害先从下部叶片叶尖或叶缘开始，病斑褐色近圆形，有不规则轮纹，后随着病情的发展，病斑由
叶尖或叶缘逐渐向叶内发展扩大，天气潮湿时，发病部位长出灰色霉状物，严重时，叶片由下向上枯死；茎被害后，病斑梭形，紫褐色，病部软腐后植株倒伏；花被害后变褐软腐，其上有一层灰色霉状物，在高温高湿条件下发病严重。如叶、茎、花三部位先后同时发病，常导致芍药严重减产，甚至无收。
防治方法：
适当稀植，以改善田间通风透气条件，雨后及时清沟排水，降低田间湿度，防止受渍以增强植株抗病能力；同时要随时清除病叶、病枝、病花，集中烧毁；精选芍芽，栽种前用65％代森锌300倍液浸泡15分钟。对灰霉病有显著的防治效果。发病初期喷1：1：100波尔多液，每隔10天喷一次，连喷三至四次。兼有保护和治疗作用。
2、芍药锈病：
病菌以菌丝在桧树上过冬，春季产生孢子后，靠风或昆虫传递到芍药上为害。5月上旬开始发生，7～8月危害严重，发病初期，在叶背出现黄色、黄褐色颗粒状夏孢子堆，后期叶面出现圆形和不规则的灰褐色病斑，条件适宜时，夏孢子可反复产生和侵染，造成病害严重发生，叶片自下而上枯死。叶片背面则出现刺毛状的冬孢子堆。
防治方法：
选择地势高燥，排水良好的地块种植，病害严重时，必须实行轮作，还要及时清除病残体，集中烧毁。发病初期喷波美0．3度石硫合剂或97％敌锈钠400倍液。病害严重时还可以25％粉锈宁乳剂1000～1500倍液与敌锈钠交替使用，能明显提高防治效果。
3、芍药红斑病：
又叫叶霉病。由半知菌亚门的枝孢属病菌侵染引起。病菌先侵染下部叶片和嫩茎。叶片发病，先在叶背出现绿色针头状凸起的小点，后扩大成红色、暗红色的不规则病斑，多有轮纹。随着病情的逐渐发展，病斑进一步扩大合并，使叶片枯焦。在湿度大时，病部产生暗绿色霉层。茎部发病，初为紫红色小点，后发展为3～5毫米长的椭圆形凹陷病斑，当病斑绕茎一周时，茎枯株倒死亡。茎叶发病严重时，常造成叶焦茎枯、全株死亡。
防治方法：
秋季将田内病株残体彻底清理干净，集中烧毁，可大大减少越冬菌源，能有效地减轻次年的发病率。在种植田内，增施有机肥、配合适量的磷、钾肥，忌偏施氮肥，有利植株健壮生长，增强抗病力。芍药发芽后至开花期，喷洒50％多菌灵800倍液或50％甲基托布津1000倍液，每隔10天1次，共喷3次，防治效果可达95％以上。
4、芍药软腐病：
病原是真菌中的一种藻状菌，为芍芽贮藏加工过程中发生的病害，主要危害种芽，病原菌从芍药芽切口处侵入，发病后切口处病部起初出现水渍状褐色病斑，后变软呈黑褐色，手捏可流出浆水，病部有灰白色绒毛，后顶端生出小黑点，最后干缩僵化。受害的芍药，不仅不能再做种用，且失去药用价值，损失严重。
防治方法：选择地势平坦而高燥地方贮藏芍芽，挖宽70厘米，深20厘米的贮藏坑，底部放入6厘米厚的沙土（沙土须经“地亚农”消毒处理），然后排一层芍头（芽孢向上），再盖一层沙土，厚5～10厘米，其芽孢要露出土面。以后经常扒开检查，防止干缩与腐烂，平时可适当洒水，保持沙土湿润，并要保持贮藏地通风干燥。芍药加工时要做到勤翻、薄摊、防止腐烂。
5、芍药白绢病：
严重时全株死亡，或全叶枯死。感染的病株基部，先发生黑褐色湿病，随后在土表或植株基部，出现白色菌丝体。在夏季多雨高温时节里，土壤潮湿，发病严重。
防治方法：
为防治白娟病病害发生，可在栽植时，进行土壤消毒或更换无菌土壤;剪除或拔掉病株烧毁，发病前，定期喷射50％多菌灵可湿性粉剂500倍液。