对于母线的各种故障，其保护主要有两种方式：
(1)利用供电元件的保护切除母线故障。对于不太重要的变电站，可利用变压器等供电元件的第ⅱ段保护来切除母线故障。
(2)专设母线保护。在下列情况下应装设专门的母线保护：
1)在110kv及以上的双母线和分段单母线上，为保证有选择性地切除任一段母线上所发生的故障，而另一段无故障的母线仍能继续运行．应装设专用的母线保护。
2) 110kv及以上的单母线，高压侧为110kv及以上的重要降压变电所的35kv母线，按照装设全线速动保护的要求必须快速切除母线上的故障时，应装设专用的母线保护。
专用母线保护通常按差动原理构成，其保护范围是母线及各个出线电流互感器靠近母线侧的所有电气一次部分。由于母线保护关联到母线上的所有出线元件，因此母线保护应与其他保护及自动装置相配合。
(1)当母线发生短路故障（故障点在断路器与电流互感器之间）或断路器失灵时，若线路上设置闭锁式高频保护，母线保护动作时为使对侧的高频保护装置动作跳开断路器，母线保护应使本侧的高频发信机停信。
(2)当重要变电站母线上发生故障时，为防止线路断路器对故障母线进行重合，母线保护动作后，应闭锁线路重合闸。
(3)为使在母线发生短路故障而某一断路器失灵或故障点在断路器与电流互感器之间时，失灵保护能可靠切除故障，母线保护动作后，应启动失灵保护。
(4)在500kv变电站中，当220kv侧母线发生故障跳闸而变压器断路器失灵，或220kv侧变压器断路器失灵需跳开相应母线，此时母线保护动作需启动该变压器保护跳另两侧。
(5)当变压器发生低压侧故障需跳母线侧断路器而此断路器失灵，变压器保护装置需解除母线失灵复合电压闭锁。